「浄化作戦」を計画している黒魔術教団(アヴァタール)。グレイの消息を追う中で、その本部を見つけたナツ、ルーシィ、ハッピーは、バルゴの力を借りて敵地への潜入を試みるものの、早々に教団幹部と一戦を交えることになってしまう。次々と襲い来る高位黒魔導士に一切ひるむことなく応戦するナツ。しかしそんな中、闇に染まったグレイが、冷徹な表情で彼らの前に姿を現わすのだった・・・。
死の集まるところにゼレフが現れると信じて、ひとつの街をまるまる生贄に捧げようと企てている黒魔術教団(アヴァタール)。グレイを通じ、水面下で動いていたエルザから真相を知らされたナツたちは、教団の悪行を止めるため、浄化作戦の決行地・マルバの街へ急行する。敵は数千にもおよぶ黒魔導士だが、心に光を宿した妖精たちが今、鉄槌を下す!
集結した妖精の尻尾(フェアリーテイル)の主力メンバーが、黒魔術教団(アヴァタール)を追い詰める。しかし神官アーロックは、「浄化作戦」を遂行すべく、人智を超える存在・ヤクマ十八闘神の一人、『イクサツナギ』を召喚する。仲間を軽んじるアーロックに怒り心頭のナツは、巨大な闘神を止めるべく立ち向かうのだった。
ギルドの存亡をかけた、かつてなき強大な敵との戦いを控え、それぞれの一夜を過ごす妖精の尻尾(フェアリーテイル)の仲間たち。そんな彼らをあざ笑うかのように、アルバレス帝国軍が急襲を仕掛けてきた! 突然の攻撃に浮足立つマグノリアの街。先手をとられたフェアリーテイルは、このピンチを乗り切ることができるのか?
アルバレス帝国の大軍に四方を囲まれ、さらにマグノリアの街に12(トゥエルブ)の侵入を許してしまった妖精の尻尾(フェアリーテイル)。審判者ワールの兵隊が街を蹂躙する中、ルーシィの前に現れたブランディッシュは彼女との因縁をほのめかす。同じ頃、西の空ではアジィールを相手にエルザがピンチに陥っていた・・・。
エルザとビスカが強敵を撃破した。しかし、その喜びもつかの間、街の中は新たなトゥエルブ・審判者ワールの脅威にさらされる。応戦するグレイたちを退けてワールが向かうのはカルディア大聖堂。そこにはマグノリアの街全体を魔障壁で守っているフリードがいた。術式が解かれれば西の空の大艦隊から集中砲火を受けることになるが……!?
妖精の尻尾(フェアリーテイル)はアルバレス帝国の第一陣をしのいだ! 四方を囲まれている危機的状況は変わらないが、故郷を守るために立ち上がったフィオーレ中の魔導士ギルドが一緒に戦ってくれることになり、メイビスは次の戦いに向けて作戦を打ち出していく。そんな中、ナツはハッピーと共に西の空を駆けていくのだった!
イグニールから託された執念の炎を右手にまとわせて黒魔導士ゼレフと対峙するナツ。そんな中、死を予感したゼレフが口にしたのは、ナツも知らない彼の出生の秘密・・・。衝撃の事実を突きつけられてなお、ナツはトドメの一撃を振りかぶる。それは家族を守るためか、それとも自身の体に刻み込まれた使命によるものなのか……。